الأداة التشخيصية الرئيسية والأكثر موثوقية هي ما يسمى بالمسحة الجزيئية البلعومية الأنفية والتي يمكن بشكل موجز في التحقيق اكتشاف الجينوم (RNA) لفيروس SARS-Cov-2 في العينة البيولوجية من خلال طريقة RT-PCR. يتمتع هذا الاختبار بدرجة عالية جدًا من الحساسية والنوعية، أي أن لديه قدرة عالية على تحديد الأفراد الذين ثبتت إصابتهم بالفيروس بحيث يكون هناك أقل عدد ممكن من النتائج الإيجابية الكاذبة وقدرة عالية بنفس القدر على التعرف بشكل صحيح على أولئك الذين ليس لديهم بالنسبة للمرض، يتم الحصول على نتيجة هذه المسحة في المتوسط خلال ثلاث/ست ساعات. المسحة الجزيئية هي الخيار الأول، على سبيل المثال، في حالة وجود حالة أعراض مشتبه بها، أو في اتصال وثيق مع حالة مؤكدة تظهر عليها الأعراض، أو في الفحص من قبل العاملين في مجال الرعاية الصحية، أو في الأشخاص الذين هم على اتصال مع الأشخاص الضعفاء أو للدخول إلى المجتمعات المغلقة و المستشفيات.

اختبار المستضد السريع يكلف أقل ولا يتطلب موظفين متخصصين، وينتج النتيجة بسرعة أكبر (30-60 دقيقة) مقارنة بالاختبار الجزيئي. إنها أداة مفيدة خاصة لفحوصات الفحص وحيث تكون هناك حاجة إلى مؤشرات لإجراءات المراقبة في وقت قصير. على عكس الاختبارات الجزيئية، فإن اختبارات المستضدات تكتشف وجود الفيروس ليس من خلال حمضه (RNA) ولكن من خلال بروتيناته (المستضدات). ولهذا السبب يطلق عليه أيضًا اختبار المستضد، ولا يمكن مقارنة موثوقيته بعد باختبارات الجزيئية وقد تتطلب الإيجابية في بعض السياقات تأكيدًا للاختبار الجزيئي. لا يتم إنشاء بطاقة المرور الخضراء باستخدام اختبار اللعاب.

تكتشف الاختبارات المصلية ما إذا كان الأشخاص قد اتصلوا بفيروس SARS-COV-2 ولكنهم غير قادرين على تأكيد وجود عدوى مستمرة أم لا، وبالتالي يتطلب الأمر، في حالة الإيجابية، إجراء اختبار مسحة جزيئية إضافي للتأكيد. من أجل تقليل عدد النتائج الإيجابية الكاذبة، يوصى بشدة باستخدام اختبارات نوع CLIA و/أو ELISA التي لا تقل خصوصيتها عن 95% وحساسيتها لا تقل عن 90%. وتحت هذه العتبات، لا تكون موثوقية النتيجة التي تم الحصول عليها كافية للأغراض التي يتم إجراء الاختبارات من أجلها.