La principal y más confiable herramienta de diagnóstico es el llamado hisopo molecular nasofaríngeo que resume una investigación capaz de detectar el genoma (ARN) del virus SARS-Cov -2 en la muestra biológica mediante el método RT-PCR. Esta prueba tiene un grado muy alto de sensibilidad y especificidad, es decir, tiene una alta capacidad para identificar a las personas que dan positivo al virus, de modo que haya el menor número posible de falsos positivos y una capacidad igualmente alta para identificar correctamente a los que no lo tienen. la enfermedad, el resultado de este hisopo se obtiene en promedio en tres/seis horas. El hisopo molecular es la primera opción, por ejemplo, en caso de un caso sospechoso sintomático, en contacto estrecho con un caso confirmado que presenta síntomas, en el cribado por parte de trabajadores sanitarios, en sujetos en contacto con personas frágiles o para la entrada en comunidades cerradas y hospitales.

La prueba rápida de antígenos cuesta menos y no requiere personal especializado, produciendo el resultado más rápidamente (30-60 minutos) en comparación con la prueba molecular. Es una herramienta útil especialmente para investigaciones de detección y cuando se necesitan indicaciones para acciones de control en poco tiempo. Sin embargo, a diferencia de las pruebas moleculares, las pruebas de antígenos detectan la presencia del virus no a través de su ácido (ARN), sino a través de sus proteínas (antígenos). Por esta razón, también se le llama comúnmente prueba de antígenos, la confiabilidad aún no es comparable a la de las pruebas moleculares y la positividad en algunos contextos puede requerir la confirmación de la prueba molecular. No se genera un Pase Verde con la prueba de saliva.

Las pruebas serológicas detectan si las personas han entrado en contacto con el virus SARS-COV-2, pero no pueden confirmar o no una infección en curso y, por lo tanto, requieren, en caso de positividad, una prueba adicional con hisopo molecular para confirmarlo. Para reducir el número de resultados falsos positivos, se recomienda encarecidamente el uso de pruebas tipo CLIA y/o ELISA que tengan una especificidad no inferior al 95% y una sensibilidad no inferior al 90%. Por debajo de estos umbrales, la fiabilidad del resultado obtenido no es adecuada para los fines para los que se realizan las pruebas.